门诊自费通常是指患者需要自己承担治疗费用，而新农合是一种医疗保险制度，用于报销参保人员在医院就诊的医疗费用。因此，门诊自费和新农合是两种不同的支付方式。一般情况下，门诊自费不可以直接使用新农合来报销费用。如果患者希望通过新农合来减轻门诊治疗的费用，需要提前在医院进行新农合报销手续的办理，具体操作规则可能会因地区和医院而有所不同，建议患者在就诊前咨询医院工作人员或者当地的新农合管理部门。
门诊自费后是可以报销的。如果是基本医保，那么参保人自费之后还可以用医保进行报销。不过只能报销医保范围内的费用，一般需要参保人提供住院医疗费用清单、住院医疗费用发票、住院小结等资料给医保经办中心，工作人员审核通过，则可予以报销。
如果是自费结算的，可以保留挂号单，就诊单据，发票持本人社保卡，身份证，到当地的医保局走报销流程，起付线以上会给报销的。