北京黄牌车通行证可以通过北京市公安交通管理局网站在线申请。申请人需提供车辆相关证件、行驶证、驾驶证等材料，填写相关信息，并上传电子图片。申请费用为50元，通行证有效期为1年。

审核通过后，申请人可在网站上下载打印通行证，并在北京市规定的时间和路段内使用。查询申请进度、申请条款、通行地点等相关信息，均可登录北京市公安交通管理局网站查询。