神仙居景区推荐的游览路线为：北门入-步行西庵慈帆-北索道-画屏烟云(菩提道)-佛海梵音(般若道)-千崖滴翠(因缘道)-梨冲夕照(观音道)-南天桥-天书蝌蚪(无为道)-风摇春浪(飞鹰道)-南索道上站乘索道-南索道下站-步行下山淡竹听泉-南大门-乘景区车-北大门。
这条路线既包括了神仙居的主要景观，又避免了过于陡峭的山路，相对轻松。在游览过程中，可以乘坐北海索道和南天索道，欣赏美丽的风景。需要注意的是，如果自驾前往神仙居景区，建议前一晚入住仙居县，以便第二天游览。
游客中心并不在景区边，距景区车行有十几分钟，有轮发南北两门的收费区间车。是为了更方便乘公共交通和自驾游客优化游玩线路的地方。 所以个人觉得最方便的游玩线路是：车停在游客中心→区间车去南门→由南自北游玩→北门出坐区间车回游客中心。
根据记录来看，神仙居全程走下来需要2-4天时间。
原因是神仙居位于云南迪庆藏族自治州香格里拉市，距离市中心较远，需要1天时间前往；而从神仙居到神湖、太阳岛、赛车桥、松赞林寺等景点都需要步行，路途较远，因此需要至少2天以上；而从神湖和松赞林寺到香格里拉市也需要1天时间。
所以总的时间需要2-4天不等。