柯南剧情可以分为以下几个主要部分进行解说：

1. 高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，看到了园中突然坠落的一个不明物体，后来得知是不明黑衣组织的新型炸弹。不久后，新一的亲人毛利小五郎侦探，接到了另一个人的恐吓信，那个人竟然是炸弹狂魔。同时，兰发现，无论在案发现场还是在密室里，都会有另外一双眼睛在看着，一切的一切都与黑衣组织有关。

2. 工藤新一的意外受伤，引来了身体缩小的化身。原来这一切都是黑衣组织的头目，琴酒和贝尔摩得为救工藤新一而导致的。但因为身体缩小的工藤新一而被兰怀疑，他不得已恢复自己原来的身份去解决所有案件。

3. 柯南以自己缩小了的身体侦破各种案件，揭示了各种事件背后的阴谋和谜团。他与搭档毛利小五郎一起解决了许多案件，揭示了黑衣组织的真实面目和阴谋。

4. 柯南与黑衣组织的对决逐渐升级，他逐渐成为了对抗黑衣组织的尖兵。在故事的结尾，柯南终于找到了恢复身体的方法，并与他的朋友们一起击败了黑衣组织。