是的，摩托车出京需要经过北京市交通秩序综合整治指挥部设立的交通检查站的检查。在出京之前，摩托车车主需要携带好有效的驾驶证、行驶证、车辆保险等证明文件，通过交通检查站的检查，确保车辆安全可靠，符合出行要求。

检查站还会对摩托车上的发动机排放量、噪音等进行检测，确保符合国家和区域的环保标准。同时，北京市交通秩序综合整治指挥部也定期加强对出行车辆的安全管理和秩序整治，提高道路交通的安全性和服务水平。为了确保您的出行安全和顺利，请遵守交通安全法规，自觉接受检查站的检查和管理。