司法鉴定结论明显错误的认定一般由法院进行，法院会审查鉴定机构的资质、鉴定人员的资质、鉴定过程是否违法等程序性事项。
当事人认为的"鉴定错误"，实质是司法鉴定结果是否公正的问题，对于法院来说，结果对于任意一方当事人公正与否，往往不在其审查之列。因为司法鉴定涉及的专业技术性问题，审判人员一般不会，也没有义务去审查，更不需要承担相应的责任。因此，要从外观程序上去否定一份司法鉴定结论也是可能性很小的，"鉴定错误"的认定往往是当事人一厢情愿，很难构成一个法律意义上的认定。
司法鉴定结论明显错误可通过申请复议或提起行政诉讼来认定。申请复议需向鉴定机构提出书面申请并提供相关证据材料。如果鉴定机构维持原结论，可向上级主管部门申请复议。如仍不能解决，可向人民法院提起行政诉讼请求撤销鉴定结论。
在诉讼过程中，申请人需提供相关证据证明结论错误，法院将进行证据审查和勘验鉴定，最终判决是否撤销结论。
当司法鉴定结论明显错误时，需要通过重新鉴定或对原鉴定的客观事实和科学依据进行审查来认定。
这个过程需要遵循科学、严谨、权威的原则，通过对鉴定人员的资质、鉴定程序的规范性以及鉴定意见的科学性等多方面的考察，来确定错误的原因和责任。同时，需要遵守法定程序，尊重权威鉴定结果，并确保当事人的合法权益不受损失。