两厘米和三厘米的吸音棉在吸音效果上有一定的区别：

1. 厚度差异：两厘米和三厘米指的是吸音棉的厚度，厚度增加会增加吸音能力。一般来说，厚度越大，吸收声波的能力越强。

2. 吸音频率范围：吸音棉的吸音效果与其材料的密度和结构有关，而厚度的变化也会影响材料的密度。一般来说，厚度越大的吸音棉在低频段的吸音效果更好，对低频声波的吸收能力更强。

3. 安装和运用的灵活性：较薄的两厘米吸音棉在安装和运用上可能更加灵活，可以更方便地应用于各种场所和物体上。而较厚的三厘米吸音棉则相对更重，安装和运用可能稍显复杂和受限。

综上所述，厚度的变化会对吸音棉的吸音效果产生一定影响，但具体选择哪种厚度的吸音棉还需根据实际需要和使用环境来判断。对于需要较强吸音效果的场所，如录音棚、音频工作室等，更厚的吸音棉可能会更适合使用。而对于一般家庭、办公室等环境，较薄的吸音棉可能已经能够满足一定的吸音需求。