木耳菌种袋的灭菌时间会受到多种因素的影响，如菌袋的大小、材质以及灭菌设备的种类和使用条件。
一般来说，如果采用高压灭菌锅进行灭菌，灭菌时间在1-2小时左右是比较常见的1。然而，如果是通过常压灭菌的方式，可能需要更长的时间，大约在5小时以上，以达到相同的灭菌效果2。因此，具体的灭菌时间需要根据实际情况来确定。
木耳菌袋绿霉特别严重的原因可能有以下几点：
菌种感染：可能使用了带有绿霉菌的菌种，或者在接种过程中没有严格遵守无菌操作，导致绿霉菌感染。
养菌室环境不佳：养菌室高温、高湿的环境利于绿霉菌的发生和蔓延。此外，如果养菌室的清洁卫生不到位，也可能导致绿霉菌的滋生。
菌袋破损：菌袋破损可能导致外界环境中的绿霉菌进入菌袋，从而引发感染。
为了防止和控制绿霉菌的发生，可以采取以下措施：
保持养菌室的清洁和卫生，定期消毒，确保环境适宜木耳生长。
使用健康的菌种，并在接种过程中严格遵守无菌操作。
定期检查菌袋的完整性，及时发现并处理破损的菌袋。
在木耳生长过程中，可以定期喷洒防菌剂，以预防和控制绿霉菌的发生。