黄花梨移种一般在春季进行，适当的温度和湿度有利于移栽成功。首先将原来的土球浸泡在水中约30分钟，把根系清洗干净，剪去病虫及被压伤的根，然后再挖一个宽、深、长相等的新坑，使黄花梨的根系能够舒展开。
在坑底铺一层砂，然后加入废烟蒂、杂草等有机肥，混合好后再加上一层腐熟的泥土，逐层倒入新坑中，并压实固碾，最后浇透水，保持坚湿。
黄花梨移种需要先准备好新的盆土和盆。首先将黄花梨轻轻取出，注意保护根部，揭下泥土并修剪盆栽底部的杂物。
接着在新的盆底部铺上一层石板或碎陶瓷碎片，然后在盆底加入新的盆土。
将黄花梨放入新盆中，适当加入盆土并轻轻拍实。最后浇适量水，放到遮阴处进行养护。在移植后的两周内，要减少日晒和浇水量，帮助黄花梨适应新环境。移植后的黄花梨可睡觉时光线减弱，这时不要乱动根部，通常一个月以后再做适当修剪。