据地质专家的考察,云丘山山体主要由石灰岩山地构成,同时在石灰岩的下方还存在一层强度较弱的薄层石灰岩。

在地质运动中,云丘山是较为快速的整体抬升,山峰大多都是由厚达百米、甚至是数百米、整块的石灰岩构成,很少出现大面积的破碎或裂隙,导致水流很难在上层石灰岩中冲蚀出较大的洞穴,在漫长的地质年代中,当地稳定且充足的地下水不断向下冲蚀,进而在地下冲蚀出大规模的洞穴空间。