南通自费住院后能报医保。门诊自费后医保报销流程并不复杂，只要参保人带齐门诊报销所需资料，到当地社保中心相关部门申请医保报销，经审核通过以后，如果资料齐全、符合条件就可以即时办理。

一般申请人办理门诊医疗费用报销时，要先扣除本社保年度内划入医疗保险个人账户的金额，再核定应报销金额。