法务部门对合同的合法性审查主要包括以下方面：

1. 条款合法性：法务部门会审查合同的各项条款是否合法、有效，并且是否符合当地法律法规的规定。若存在不合法的条款，将会提出修改建议或予以否决。

2. 当事人资格：法务部门会审查合同当事人的资格是否符合法律要求，例如，是否具有签署合同权利、是否具有从事相关业务的资格等。

3. 内容明晰性：法务部门会审查合同内容的明晰性和精确度，是否详尽地规定了各项权利和义务的具体内容，以及必要的补救措施等。

4. 风险点评估：法务部门会对合同涉及的关键风险点进行评估，例如争议解决方式、违约责任、保密义务、知识产权等问题的合理性，以及是否需要加入相应的约定。

5. 可执行性：法务部门会审查合同的各项条款是否存在执行困难的问题，例如是否有条件未满足、是否存在不可抗力因素等。

6. 其他问题：法务部门还会审查合同是否存在与以前合同冲突的情况、文本是否清晰等问题。

通过以上审查，法务部门可以提供合同签署前的法律意见，并指出合同可能存在的法律风险和不足之处。这有助于减少企业在签订合同时的不必要风险和不必要成本。