宝安国际机场目前在运营的航站楼只有一个，就是T3。另外在T3的北面规划了新的T4航站楼（在建）。在T3和T4之间还有一个小的卫星楼，已经投入使用（须乘地下小火车）。机场原先的T1、T2（也叫A楼和B楼）在T3投入运营的同时就已经停止使用。
深圳宝安国际机场的T3航站楼最右边道口一般不通行小客车，只能通行运营的的士和车辆。小客车要在左边车道通行，不要在运营车道通行。右边车道距离进出口较近，左边车道的乘客通常要经过右边车道进机场，小客车通行也会增加交通安全。
深圳宝安国际机场从建设之初到现在总共有三个航站楼，但现在为旅客提供服务的只有T3航站楼。所以对深圳不熟悉的旅客人机场乘机，要提前搞清楚。