是的，企业退休职工的养老金通常会比灵活就业人员的养老金高。这主要是因为企业退休职工的养老金计算涉及到多个因素，如缴费基数、缴费年限以及个人账户储存额等，其计算公式通常是相同的。在缴费基数、缴费年限等因素相同的情况下，由于企业职工的缴费比例或金额通常会高于灵活就业人员，因此企业职工的个人账户养老金也会相应更高。

另外，根据《社会保险法》第十六条的规定，参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费满十五年的，按月领取基本养老金。这意味着，企业职工在缴费满十五年后，可以按月领取基本养老金，而灵活就业人员则需要继续缴费至满十五年才能领取。这也可能导致企业职工在退休后领取的养老金更高。

然而，需要注意的是，由于每个地区的具体政策和计算方法可能有所不同，因此企业退休职工和灵活就业人员的养老金具体数额也可能存在差异。此外，个人的缴费情况、工作年限等因素也会对养老金数额产生影响。因此，具体的情况需要结合当地的政策和个人的实际情况进行分析。