没有第三部。
《机动战士高达SEED》是高达系列在2002年至2003年度放映的动画。续作为《机动战士高达SEED DESTINY》在2004年播放。
因各具魅力的角色，明星云集的声优阵容和精彩激烈的战斗场面深受广大动漫迷们的喜爱。与以往注重战争心理描写不同，本剧使用大量剧情描述几位主角间的情感纠葛，因而吸引一批从未看过高达的同好，引发高达系列的剧烈变化。
身为高达迷还是很希望有第三部的，但又怕第三部会毁了前两部，所以说现在是一种矛盾心情
高达Seed Freedom的剧情发生在宇宙纪元（C.E.）时代，这是一个由调整者和自然人共同生活的世界。调整者是通过遗传基因调整出生的人类，他们拥有优秀的身体能力和头脑，而自然人是自然出生的人类。由于双方存在意义的不同，调整者与自然人之间开始发生冲突，并最终演变为战争。
在这个背景下，故事的主人公西布克·大和和他的伙伴们为了守护自由和希望，加入了反抗军ZFAT，与调整者统治的PLANT进行战斗。在战斗中，他们不仅面对强大的敌人，还要面对内心的挣扎和困惑。
整个剧情紧凑而富有张力，通过描绘角色们之间的友情、信念和牺牲，展现了战争对人性的摧残和对自由的追求。故事最终揭示了“命运计划”的真相，并呼吁人们珍惜自由和希望，共同创造一个更美好的未来。
在雅金·杜维战役中，穆·拉·弗拉格驾驶“无限正义高达”及时赶到，成功阻止了扎夫特军方的强袭扬陆港计划。在PLANT，基拉和拉克丝终于公开宣布他们的关系（但没有结婚）。
C.E.73年，PLANT新任评议长狄兰达尔发表宇宙殖民地独立宣言，引发地球与PLANT之间的武装冲突。地球联合军与PLANT军开始正式交战。
C.E.74年，奥布联合首长国首长卡嘉莉发表“中立宣言”。
C.E.75年，战火扩大到整个世界。地球联合军与扎夫特军的战争进入全面对峙状态。
C.E.76年，扎夫特军战败，PLANT施行“迁回”，拉克丝与基拉下落不明。