首先，南京医保在上海市是不能用的。

其次，在上海看病的费用是可以回南京通过医保报销的。当然，一般情况下，医保对普通疾病的门诊费用是不报销的，只适用住院治疗。

具体操作程序：

参保人需持有由南京市三甲医院的主任医生开具的异地转院治疗申请表，向南京社保部门申请，批准后可以外地就医，先自行垫付医疗费用，然后回南京走医保报销程序。

原则就是异地看病（住院治疗），需要有当地医院的转诊证明，才可以享受到医保报销。

需要注意的是，医保卡都有定点医院，不是随便哪家医院都适用的，当然一般正规（公立）医院都是可以的。