火车票官网12306.cn与火车站售票窗口共用一个售票系统和数据库，两者发售的车票价格是一样的，不存在任何差价。
唯一可能出现差异的可能是旅客在火车站售票窗口购买异地上车的火车票时，需要收取5元的异地购票费。而如果旅客是在火车票官网12306.cn买票，然后到火车站自助取票机上进行取票的话，则不用收取这5元的服务费
直接去火车站买票和12306网上买票的可能性是一样的，两者都是通过一个大数据库里来产生购票信息的。
在12306.cn网站购票应当在车票预售期内且不晚于开车前25分钟，并在提示的支付时间内完成网上支付。12306.cn网站收到在线支付工具支付成功的信息后，进行购票交易确认；收到在线支付工具支付失败的信息或超过规定的支付时间未收到在线支付工具支付成功信息的，取消购票交易，席位不再保留。