1、性质不同，琥珀是一种化石,但它是比较特殊的化石,通常指的是植物化石,但也有动物化石,被称为松脂化石。而化石是一个很笼统的总称,它包含很多分类,有的是古代动物遗体保存下来形成的,有的是化学物质形成的。
2、形成时间不同，琥珀的形成时间是在距离现在4600-9000万年之前,它在地底下已经存在了几千万年的时间。而化石的形成时间则相比琥珀可能更久远,当然也有一些可能和琥珀差不多甚至还要晚一点。
3、颜色不同，琥珀和化石最大的不同就在于颜色,它的颜色一般外观是透明的,但也可以看出不同的颜色比如绿茶色、金色、蓝色、血珀色等等。而化石的颜色比较复杂,它一般不那么透明。
玳瑁虫和蚁虫是琥珀中常见的化石，它们的进入方式主要有两种。一种是直接陷入树脂中后被固定，另一种是树脂中含有小孔，虫子从孔中钻进去后再被固定。因为琥珀是树脂经年累月的固化，这些虫子通常是在树脂还未完全固化前被固定，所以它们的形态经过了数百万年依然保持完好，成为了一件稀有的天然艺术品。