专项扣除填写完后并不是立即生效，而是需要经过个人所在的税务机关的审核确认，确认通过后才会在下个月的工资中开始生效。
在审核确认过程中，税务机关会对所填写的信息进行审查，确保填写内容符合相关规定，并与所提供的证明文件相符。
如果审核结果存在任何问题，需要进一步核实，那么专项扣除的生效时间会有所延迟。因此，纳税人需要在每年的税务综合所得申报期内，提前规划并尽早填写专项扣除信息，以确保扣除的准确性和及时性。
可能是因为您填写的专项扣除项有误或者未满足相关规定。例如，医疗保险专项扣除要求必须为本人和子女支付的医疗保险缴费，且缴费年限不少于1年；而住房租金专项扣除要求必须为在规定的地区租赁住房并支付租金。如果您填写的内容不符合规定，可能会导致扣除不成功或者只扣除一部分。建议您再仔细阅读相关规定，确认填写正确的专项扣除项。
专项扣除是税法为减轻个人负担而设立的一项措施，填写完毕后需要等待纳税人所在的税务机关进行审核，并根据审核结果进行扣除。
因此，一般情况下专项扣除填写完毕后并不会立即生效，而是需要在下一季度税收申报时才能生效。
但在某些特殊情况下，如作为个人所得税申报时填写并生效，但这种情况需要根据具体情况具体分析。总之，专项扣除的生效时间取决于纳税人所在的税务机关的处理速度和具体的办理流程。