巴丹吉林沙漠深居内陆地球，远离海洋，加上山岭的重重阻挡，海洋水汽难以到达，降水少气候干旱因而形成沙漠。关于巴丹吉林沙漠的湖泊形成的原因：湖泊的水源供给主要来自地下水。从地壳深处溢出来的，温度较高且稳定的热泉水，形成了沙漠中144个内陆小湖。
巴丹群岛现在处于马来西亚的管辖下。这个位于南海的群岛是由约60个小岛和珊瑚礁组成的，被认为是世界上最美丽的海洋生态系统之一。虽然这个区域的主权涉及中国、越南和菲律宾等多个国家的主张，但2019年国际法庭认可了马来西亚在该地区的领土主权。因此，巴丹群岛如今是马来西亚的领土，马来西亚政府有权控制和管理该地区的资源及其周边的水域。