益生菌菌株是已经成长好的菌，菌种是袍子，还没有成长的。就如鸡蛋和鸡的关系，鸡蛋就如菌种。鸡就是成长起来的菌株 。这样两者也就区别开来了。
分4个等级。
一级益生菌：这些益生菌已被科学研究证实对人体有益，活性强，亲和力高，能够在人体内存活并发挥作用。常见的一级益生菌有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、双歧球菌等。
二级益生菌：这些益生菌能够提供营养，但相对一级益生菌，其功效和安全性缺乏充分的科学验证。常见的二级益生菌有嗜酸乳球菌、球菌、酪酸梭菌等。
三级益生菌：这些益生菌对人体有积极作用，但需要额外的助剂才能在人体内发挥最大效果。常见的三级益生菌有婴儿双歧杆菌、短双歧杆菌等。
四级益生菌：这些益生菌能够在人体内存活，但对人体没有明显的益处。四级益生菌主要包括某些酵母菌、大肠杆菌等。