1. 差额征税的房地产企业计算土地增值税的方法是根据土地增值额进行计算。
2. 差额征税是指房地产企业在出售房地产时，按照房地产的差额（即销售价格减去购置成本）计算应纳税额。
土地增值税是其中的一项税费，是指企业在出售土地时，按照土地增值额计算应纳税额。
3. 土地增值额是指土地出让金与土地成本的差额。
具体计算方法是将土地出让金减去土地成本，得到土地增值额，再按照一定的税率计算应纳税额。
差额征税是指在计算营业额时，扣除相关支付的款项后，按差额征税。根据增值税的计税原理，纳税人以实际取得的全部价款和价外费用扣除支付给其他纳税人的规定项目金额后的余额为销售额计算缴纳增值税。
三条途径。
第一条途径：转为全额事业单位。
第二条途径：维持差额事业单位。这类事业单位无论职能职责上，还是运行方式上，都没有发生什么变化，受改革的影响比较小。
第三条途径：进行整体转企改制。差额拨款事业单位原有一定收费职能，有的也可以参与市场经营，而这类参与市场经营的差额拨款事业单位，很有可能将进行转企改制，变成国有企业。
人员处理:
1、保留原状；
2、随职能调整到新单位；