深圳摇号专项增量指标的申请流程如下：

申请人需要登录深圳市小汽车增量调控管理信息系统网站（http://xqctk.jtys.sz.gov.cn/）进行申请，填写相关信息并提交。

申请成功后，申请人需要获得申请编码，该编码是参与摇号的重要依据。

申请人需要在规定的时间内，通过网上或现场确认的方式，对申请信息进行确认。

确认无误后，申请人即可等待摇号结果公布。摇号结果一般会在深圳市交通运输局官网等渠道公布。

需要注意的是，申请深圳摇号专项增量指标需要满足一定的条件，如申请人需要是深圳市户籍居民或者持有有效的深圳市居住证等。同时，申请人还需要符合深圳市小汽车增量调控管理相关规定的其他要求。

总之，申请深圳摇号专项增量指标需要按照规定的流程和要求进行操作，确保申请信息的真实性和准确性，以提高摇号成功率。