公务员医疗保险报销程序分为门诊和住院两种类别：
(一)门诊：
1、首先在个人当年账户中支付;
2、个人当年账户资金不足支付部分，全额由个人现金支付，其中有历年账户支付，先从历年帐户开支。
3、当现金支付(包括历年账户)累计支付达到1000元的门诊起付线以上部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%;
4、当在起付线以上再自付500元时，以上部分回单位报销90%。
(二)住院和规定病种门诊：
1、起付标准以下的医疗费用，首先在个人历年帐户中支付，个人历年帐户资金不足支付部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，在职人员由公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%;退休(退职)人员由公务员医疗补助经费支付85%，个人负担15%;建国前参加革命工作的老工人，由公务员医疗补助经费支付95%，个人负担5%。
2、一个年度内，个人负担部分之和(包括住院起付标准)，超过部分由用人单位给予补助(全额)。
根据目前的情况，公务员医保在一些地区已经开始采用DRG（诊断相关分组）进行医疗费用的结算。DRG是一种按疾病诊断和治疗方式进行分类的方法，通过将患者分组，确定相应的医疗费用支付标准。
采用DRG可以提高医疗费用的透明度和公平性，减少医保支付的不合理和浪费。因此，公务员医保走DRG的趋势在逐渐增加，但具体实施情况可能因地区而异。
公务员医疗补助最多可以报销可获得报销总额达1000元的医疗费用，比例视具体情况而定，一般以报销比例为基准，通过政策补助，用户可将实际支付的医疗费用报销至个人账户。个人账户报销的比例一般为50%，但也有政策要求报销比例更高的，比如部分地区可以高达80%的个人报销比例。