微信付款时扣零钱通的步骤如下：首先确保零钱通账户里有足够的零钱余额；在微信上选择需要支付的对象，进入付款页面，在“付款”页面中选择“零钱”方式支付。
如果您的微信钱包中余额不足，会弹出提示框，提示您是否使用零钱通余额进行支付，选择“是”后输入支付密码即可完成付款，金额将从零钱通中扣除。如果您有需要的话，还可以在“钱包”中进行零钱通余额的充值。
微信付款时会优先使用钱包中的零钱通余额进行支付，如果零钱通中余额不足，则会按照设定的支付方式进行扣款，如绑定的银行卡或信用卡等。
微信付款里有两个选择，一个是零钱，另一个是零钱通。如果你在零钱通那么地方勾选，当然就从零钱通里扣钱了。想要不扣零钱通里面的钱，勾选另一个就可以。