东阳市拥有多家医院，其中三甲医院有两家。分别是东阳人民医院和东阳市中医医院。东阳人民医院是一家大型综合性医院，是东阳市唯一一家三级甲等医院。该医院设有内科、外科、产科、儿科、疼痛科、康复医学科、中西医结合科等科室，开展了先进的医疗技术和设备，设有128层CT、PET-CT、2.0T MRI等现代化大型医疗设备，为当地居民提供高质量的医疗服务；东阳市中医医院是一家以中医诊疗和康复治疗为主的三级医院，该医院设有针灸系、推拿系、按摩系、临床系、心理系等科室。
东阳市三甲医院是东阳市最高级别的公立医院，设备和技术力量十分雄厚。该院下设内科、外科、妇科、儿科、口腔科、中医科、医技科等科室，同时还设有急诊科、检验科、影像科、药剂科、营养科等部门，能够提供高质量的医疗服务。作为东阳市的医疗中心，东阳市三甲医院引进了大量高端医疗设备，如核磁共振、CT、数字医学影像系统等，这些设备的引进使得该医院在专业领域更加卓有成效。