社保稽查科是由人力资源和社会保障部门负责管理的。人力资源和社会保障部门是国家机构，主要负责制定和实施劳动力和社会保障政策，保障劳动者的权益，维护社会稳定。
社保稽查科作为其中的一个重要部门，负责监督和管理社会保障制度的实施，对企业和个人的社会保险缴费情况进行调查和稽查，保障社会保障制度的公平、公正和合法性。因此，社保稽查科是由人力资源和社会保障部门管辖的。
社保稽查科属于人力资源和社会保障部门的垂直领导，受其直接管理。该部门负责对社会保险基金的收支、管理和投资运营情况进行监督检查，发现存在问题的，应当提出整改建议，依法作出处理决定或者向有关行政部门提出处理建议。