巴音郭楞蒙古自治州下辖1个县级市、7个县、1个自治县，州府设在库尔勒市。
县级市
1.库尔勒市
库尔勒市，是新疆巴音郭楞蒙古自治州的地级行政区首府，位于新疆中部、天山南麓，是古丝绸之路中道的咽喉之地和西域文化的发源地之一。
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有4个。
分别是：和静县七个星镇监狱 、 焉耆四十里城子监狱、库尔勒英下乡监狱，都是市级管理的。还有库尔勒监狱四监区，位于新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州焉耆回族自治县兵团二十七团境内。