对于鱼缸中的青苔，最简单的处理方法就是人工清除。一般发现时间比较早的话，青苔只要一层膜，用软布一擦就能擦掉。需要注意的是，人工清除治标不治本，不注意改善环境的话，青苔还是会出现。
如果不想隔三差五的清除青苔，最好的方法是养一些以它为食的小鱼小虾。鱼类方面可以选择清道夫、青苔鼠、黑线飞狐等等，需要注意的是，青苔鼠只有在没长大的时候吃青苔，长大后就不吃了。虾类方面比较推荐黑壳虾，很多淡水虾也会吃青苔，但混养的时候有一定风险。
鱼缸老是长绿苔需要先用软布人工清除干净，然后换掉1/3的水，一周之后再更换一次。另外还可以养几条喜欢吃水藻的小鱼小虾，例如青苔鼠、黑线飞狐、黑壳虾等，但是很多小鱼长大以后就不喜欢吃青苔了，所以要及时清理出来，否则它们会和其他观赏鱼争夺鱼食，还会产生粪便影响水质。
因为青苔的生长需要一定的光照，且需要一定肥度的水，所以建议先暂时减少光照，适当减少投食量。
清除方法如下：
1、加盐。加盐可以阻止水藻生长。
2、遮光。无论是灯光还是太阳光都会促进水藻生长，尽量削减灯光照明时间，避开太阳光的照射。
3、引进食藻生物。像青苔鼠、虾以及玛丽之类的热带鱼都会摄食水藻。黑壳虾除藻功能普通，推荐使用於草缸处理腐败之叶片，对於小细缝及叶片上的藻类有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有带菌的问题。大和藻虾除藻功能与黑壳虾差不多，体型较黑壳虾大。虽然螺类也吃水藻，但不建议引进，因为容易失控。
5、用除藻剂。使用除藻剂，效果普通，优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻类。缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。