嘉兴南站是长三角核心区中心枢纽之一，围绕“双核三港，两环五射”格局，全力建成长三角核心区中心枢纽。其中，“双核”指突出嘉兴中心城区和长三角生态绿色示范区两个枢纽极核；“三港”指嘉兴南站、嘉兴机场、嘉兴海河联运枢纽港；“两环”指两条市域快速路环线。

嘉兴南站属于II型枢纽，等级仅次于上海虹桥站等巨无霸型车站。按规划，嘉兴南站将接入沪昆高铁、沪乍杭高铁客运线、通苏嘉甬高铁等干线铁路，上海至杭州城际铁路，嘉兴至枫南市域铁路等。