两者的区别有以下几点：
一是参团地点不同。目的地参团地点在目的地，跟团参团地点在出发地。
二是费用不同。旅游公司在机票方面享有散客享受不到的折扣，因此，如果乘坐飞机，目的地参团的实际总费用一般会高于跟团费用。
三是旅游公司的责任范围不同。目的地参团和跟团相比较，旅游公司的责任范围显然是不一样的，跟团的责任范围大于目的地参团。
目的地参团和跟团的区别主要体现在旅游行程的灵活性和自由度上。
1. 目的地参团：参团即是在目的地选择旅行社的团队行程，参加旅行社已经安排好的行程。旅行社会提供专业的导游、交通、餐饮、住宿等服务，游客只需要按照行程安排进行旅行，不需要自己操心行程的安排和细节，省去了旅行的筹备和安排的繁琐工作。
2. 跟团：跟团旅游一般指参加旅行社组织的团队行程，在指定的出发地点和时间与导游及其他游客集合，由导游带领游客完成整个行程。跟团游具有团体成行的优势，在景点观光、用餐、住宿等方面相对便利，而且费用可能相对较低。不过，跟团游的行程较为固定，参与者一般没有太多自主决策权和灵活度。
总的来说，目的地参团相对而言更加自由灵活，可以根据个人的兴趣和需求选择适合的行程，可以在行程中途增减景点，或者在目的地停留更长时间。而跟团则更注重成本的控制和组织的便利性，适合那些不太善于自己安排旅行的人群。