根据相关法规和规定，公司裁员时应以员工实际入职起算工龄，不包括军龄。军人复员后转入民工职业，应当依据实际服务年限计算职工工龄。

因此，即使员工有军龄，但在计算裁员补偿期限和福利待遇时，只以其实际入职时间或者工龄为计算依据。

如果公司未遵守规定，在处理裁员事宜时违法违规，将可能面临员工诉讼、赔偿和处罚等风险。