西红柿根部发芽可能是由于以下几种原因：
1. 种植环境湿度过大：西红柿喜欢湿润的环境，但是过度的湿度可能会导致根部发芽。因此，种植西红柿时应保持适当的湿度，避免过度浇水。
2. 光照不足：西红柿需要充足的阳光才能正常生长。如果光照不足，可能会导致西红柿根部发芽。
3. 营养过剩：如果土壤中的营养物质过多，也可能会导致西红柿根部发芽。因此，施肥时应按照推荐的用量进行，避免过度施肥。
4. 温度过高或过低：西红柿对温度有一定的要求，过高或过低的温度都可能导致西红柿根部发芽。因此，种植西红柿时应保持在适宜的温度范围内。
1. 虫害：西红柿叶子上出现黄色斑点可能是由于叶蝉等昆虫为害，这些昆虫会吸食植物汁液，导致叶子出现黄化、枯萎等症状。
2. 病害：另外，西红柿也会受到多种病菌的侵袭，如灰霉病、立枯病和茎癌病等。这些病害在植株叶片上形成黄色斑点，后期逐渐扩大并变黑。
3. 缺肥：如果西红柿缺乏营养元素，如氮、磷、钾等，也会导致叶子出现黄化等营养不良症状。
如果西红柿栽深了，需要及时采取措施。首先要轻轻松动土壤，把根系稍微向上抬一抬，以便根系能够呼吸。然后浇水，使土壤保持湿润状态，帮助根系生长。
如果西红柿已经长成了幼苗，可以考虑进行根部修剪，去除过深的根部，以便新的根系能够正常生长。同时，在后续的栽培中，要注意控制土壤湿度，避免过度浇水，防止发生烂根现象。