基因工程质粒载体原理是有关于基因重组工作的重要内容，质粒是一种环形的DNA分子结构，质粒中含有多个嵌合位点，使它们能够接受来自不同来源的DNA序列，进而构建成为一种基因重组操作的载体。
这种载体在基因工程中可以被用于携带和传递各种外源基因或者RNA分子，从而实现基因的重组和修饰。
本质上，基因工程载体的作用就是通过嵌入目的基因，使其在细胞内部表达出来，从而实现人工转化相关的性状。
所以，基因工程质粒载体原理是通过在质粒上引入外源DNA序列实现基因编辑、移植和表达的相关原理，该原理为目前在科学研究和临床治疗上被广泛运用的重要技术。
基因工程的诞生依赖于分子生物学领域理论上的如下三大发现：
1. 20世纪40年代发现的生物遗传物质的化学本质是DNA。
2. 20世纪50年代提出的DNA结构的双螺旋结构模型。
3. 20世纪60年代确定的遗传信息的传递方式，即DNA至RNA至蛋白质。
基因工程又称基因拼接技术和DNA重组技术，是以分子遗传学为理论基础，以分子生物学和微生物学的现代方法为手段，将不同来源的基因按预先设计的蓝图，在体外构建杂种DNA分子，然后导入活细胞，以改变生物原有的遗传特性、获得新品种、生产新产品。
基因工程技术为基因的结构和功能的研究提供了有力的手段。
基因工程限制酶切割位点可以通过计算DNA序列，寻找与特定酶的识别位点相匹配的序列来判断。限制酶通常识别特定的短序列，并在该序列的特定位置剪切DNA链。通过使用计算工具或软件，可以快速识别和预测DNA序列中的限制酶切割位点。
另外，还可以进行实验验证来确保特定的限制酶能够在所预期的位点进行切割。