有区别，区别在于，功能基因组学和表观遗传学是两个相互关联但有所区别的领域。
功能基因组学主要研究基因或蛋白质的功能，通过高通量的实验方法，如基因敲除、基因过表达、RNA干扰等，来探究基因在生物体中的具体作用。它侧重于基因的表达调控、信号转导、代谢途径等方面，以揭示基因如何影响生物体的表型。
而表观遗传学则研究不涉及DNA序列改变的基因表达调控，主要关注DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等非遗传信息的传递和调控机制。它探究的是生物体在发育和适应环境过程中，如何在不改变DNA序列的情况下，实现基因表达的时空特异性。
总的来说，功能基因组学更注重基因或蛋白质的功能研究，而表观遗传学则更侧重于非遗传信息的传递和调控机制。两者相辅相成，共同推动了对生命现象深入理解的进程。
功能基因研究趋势逐渐向着系统化、高通量、精准化和多组学方向发展。
一方面，研究重点将更多关注基因网络、信号通路、元基因组等综合因素在功能基因调控中的作用；
另一方面，研究方法将更加注重多组学技术的应用，如基因芯片、转录组测序、蛋白质组分析、代谢组学等，以期揭示功能基因的真正本质及其参与生理学、病理学等多个领域的模式与机制，为人类健康与疾病治疗提供有力支撑。
功能基因组学是指对基因组序列进行细致地注释和解析，探索基因与其功能之间的关系。其研究内容可分为四个方面：
1）基因预测和注释，通过同源性比对、特征识别等方法预测和注释基因功能；
2）基因表达调控研究，分析基因表达的时空特征和相关的调控因素，探讨基因调控网络的结构；
3）基因功能解析和进化分析，通过比较分析、逆向遗传学等方法解析基因的功能和进化历程；
4）基因组功能研究，通过生物信息学分析工具、多组学方法等手段研究基因组的整体功能和生物学意义，为相关领域研究提供新的思路和方法。