国家食品药品监督管理总局：负责制定相关食品安全法规，监督食品安全质量，确保特殊食品安全可靠。
卫生行政部门：参与制定食品安全标准，并督促企业执行。
食品安全技术监督机构：负责定期对企业进行监督检查，以保障特殊食品的安全和质量。
特殊食品生产企业由国家卫生健康委员会和各省（自治区、直辖市）卫生健康委员会负责包保，监督和管理其生产的特殊食品。这些特殊食品包括婴幼儿配方食品、保健食品、功能性食品、特殊医学用途配方食品、食品添加剂等。这些部门会对特殊食品生产企业进行监管和检查，确保特殊食品的安全、卫生和合法。同时，提供法律法规和政策和指导以保证食品的安全合法。
食品安全监管部门。
因为特殊食品相比于普通食品更容易造成食品安全问题，所以政府为了保证人民群众的身体健康，对特殊食品生产企业进行了严格的监管。
包括在企业经营前进行审批和备案，监督企业落实质量安全体系的建设和实施，对不符合安全要求的特殊食品进行召回等措施。
特殊食品生产企业的质量安全主体是企业自身，但包保主体则是食品安全监管部门。