二者转存定期享受的利率不一样。持银行卡到银行网点柜面转存，接下来存期内享受的利率可以协商上浮。
而自动转存的利率执行的是银行重新起存的基准利率，一般该利率低一些，同样的存款到期收益，选择自动转存的少一些。
但自动转存的优势是防止客户如果将定期存款忘记时限了，过期部分可自动享受转存约定的定期收益，而不是活期收益。目前，许多商业银行首选将客户定期存款设置为自动转存。
自动转存和手动转存的区别在于：自动转存是按照当期的基准利率转存，所以很多时候转存的时候利率并没有上浮，而用户自己去柜台人工转存的时候，可以和银行协商利率，如果存款多，利率可能会上浮。
自动转存是银行推出的一个很好的服务，可以有效节省客户时间和精力，如果投资者没有时间去银行划工资、存款、转定期存款等，自动转存就能大大的节省时间成本。
建议投资者都选择自动转存，其原因是：假设到期之后投资者没有时间办理，则至少可以享受定期利息；假设到期之后有时间去办理，届时再把新的一期支取出来，重新存即可，期间没有什么损失。
自动转存是指客户存款到期后，客户不用去银行办理定期，系统都会自动存入相同期限的定期。续存后如不足一个存期客户要求支取存款，续存期间按支取日的活期利率计算该期利息。