亚甲基蓝的用法是将其兑成溶液后，倒入鱼缸中，一般100公升的水倒入5毫升药物就可以了。这种药可以预防水霉病、烂鳃病、白嘴、炸鳞等症状，使用前一定要控制好用量，如果用量太多的话，很容易造成鱼儿不适，甚至可能会产生药害，不但起不到治疗作用，还会危害其健康。
亚甲基蓝加入鱼缸后，颜色越来越淡很可能是水质变化导致的。亚甲基蓝是一种药物，添加它能够防止鱼得病。但是，如果鱼缸中有过多的废物、残留食物等，会导致水质变差，这可能会降低亚甲基蓝的活性，从而让颜色逐渐变淡。
因此，正确的方式是定期更换水、清洗过滤器等措施，以保持良好的水质，这样才能让鱼儿们更加健康，同时也有效地保护亚甲基蓝的有效性。
使用亚甲基蓝治疗白点病时需把鱼捞出隔离药浴，药浴时提高水温至30至32度，用浓度为2至5毫克/升的亚甲基蓝溶液，每天给病鱼药浴30分钟，轻搓鱼身，把白点搓掉，直至病情好转。