腐乳菌和毛霉菌都属于真菌界，但在形态、生长环境和应用方面有明显区别。

1. 形态区别：
腐乳菌：腐乳菌多为白色或灰色，菌丝细长，呈绒毛状。在腐乳制作过程中，腐乳菌会在豆腐上形成一层白色的毛状物。
毛霉菌：毛霉菌的菌丝较粗壮，呈毛发状，颜色多为灰色或黑色。毛霉菌在生长过程中，会产生较多的分支，形成类似毛发的结构。

2. 生长环境区别：
腐乳菌：腐乳菌生长在相对温暖、潮湿的环境中，如腐乳制作过程中的豆腐、蔬菜等。腐乳菌为需氧型生物，生长适宜温度一般在15-25℃。
毛霉菌：毛霉菌的生长环境较为广泛，包括土壤、空气、蔬菜、水果等。毛霉菌也属于需氧型生物，但生长适宜温度较腐乳菌低，一般在5-15℃。

3. 应用区别：
腐乳菌：腐乳菌主要用于腐乳、豆腐乳等食品的制作，具有发酵、提鲜、增加口感等作用。
毛霉菌：毛霉菌在食品工业中也有广泛应用，如发酵豆腐、腐乳、酱油等。此外，毛霉菌还可以生产药用酶、生物降解塑料等。
总结：腐乳菌和毛霉菌在形态、生长环境和应用方面都有一定的区别。腐乳菌生长在较温暖、潮湿的环境中，主要用于腐乳制作；毛霉菌生长环境较广泛，可在食品、医药等领域发挥作用。