有影响。

因为厦门特大暴雨可能会导致路面水浸严重，影响交通运输。

而动车需要在铁路上行驶，如果铁路被水淹，那么动车的行驶速度将会受到影响，甚至可能会停运。

此外，暴雨也会导致铁路上的设备和线路受损，需要进行维修和保养，同样会影响动车的运行。

此外，暴雨还可能成为导致地质灾害的因素，如滑坡、泥石流等自然灾害，如果这些灾害发生在铁路沿线附近，也会影响动车的正常运行。

因此，厦门特大暴雨对动车的行驶速度、行驶路线以及运行时间等方面都会产生一定的影响。