合法，个人所得税法没有规定公司必须代扣代缴员工个人所得税,但是因为用人单位为扣缴义务人,所以通常单位有代扣缴个人所得税的义务。
个人所得税已缴税是否可以申请退税，应当看是否符合条件，对于符合条件的是可以办理退税的，对于预缴或者已缴纳个人所得税的税额已经超过了应缴税额的，那么就是可以退税处理的。
是不合法的。
根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。因此，补交个税应该由个人向税务机关申报缴纳，而不能由公司代缴现金。如果公司代缴个税，需要与税务机关签订委托代缴协议，并按照规定程序缴纳税款。
如果公司没有代缴个税，那么就需要承担相应的法律责任。