1、经营模式不同

京东自营旗舰店是京东公司自己经营的店面。从品牌厂家进货到京东仓库，然后在京东平台销售给消费者。而京东官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品，犹如商场里的小店面。

2、发货方和收获时常不一样

京东自营一般使用自己的京东物流，发货快，送货速度也快;而京东官方旗舰店则是由品牌发货，要先从品牌仓库调货，发货和运输、配送时间较长。

3、仓储的区别

京东自营的产品都是储存在京东自己的仓储中心里面，自营产品相当于京东从供应商那里购买来的商品，京东自己在平台上售卖。而京东官方旗舰店，是由各个商家在京东平台上面开的店铺，实际上还是各个商家在运营，而商品也是储备于商家自己的仓库里面。

4、销售模式不同

京东自营的模式是B2B(厂家卖给京东)然后B2C(京东再卖给消费者)。品牌方开的旗舰店的模式是B2C(由厂家卖给消费者)。

5、商品属性不同

京东的自营商品，好比大型超市，统一进货。旗舰店好比却是大超市里一些柜台租给一些品牌商家自己经营。

6、物流不同

京东自营的物流是京东物流，发货速度快，有问题也可以上门取件更换。官方旗舰店一般是入驻商家，有少部分会使用京东自营，但大部分发货属于第三方物流。