最主要区别是一个是道观，一个寺院。
长春观”是著名的道教宫观，位居武昌老城与武汉大学城新商业城的结合部，是武汉闹市枢杻。它始建于元代，明朝以斗拱铆榫纯木结构重修三皇殿、紫微殿、玉皇阁，被武汉市列为一级文物保护单位。
皇家寺庙“宝通禅寺”。宝通禅寺位于武汉市武昌区的洪山南麓，为历世清净佛刹，是三楚第一佛地，是武汉市佛教四大丛林之一，也是武汉现存最古老的寺院。
长春观是一座道教寺庙，主要供奉的神明是玄元皇帝和伏羲天尊，而宝通寺是一座佛教寺庙，主要供奉的佛祖则是释迦牟尼佛。
此外，两者的建筑风格也有明显的差异。
长春观的建筑风格主要体现了中国的古代建筑技艺和道家的思想，而宝通寺则更多地呈现出了佛教文化的精髓和印度文化的影响。
最后，两者还有一个区别在于其历史渊源和地域文化的背景不同。