本质区别就是签发机构不一样。
港澳通行证是大陆公安部门颁布的，可以供大陆居民往来港澳的证件，里面含有持有人身份信息。香港身份证是香港户政部门颁布的含持有人身份信息的证明，跟内地身份证差不多。
港澳通行证和签证不是一回事，港澳通行证是由公安部门核发的往来香港和澳门的专用证件，而签证一般是指持有中华人民共和国护照的公民在前往国外时，到相应国家领事馆或大使馆签批的一个过程。
港澳通行证在某些场合可以替代身份证作为身份证件。比如酒店登记、搭乘飞机及火车。但不能用来办理如社保金、银行账户、结婚证等等手续。
在香港或澳门，港澳通行证就是你的旅行证件，住酒店、或者被警察查，都是出示港澳通行证，身份证是没有用的，在内地的话，一般也可以代替用着。
香港身份证就是你在香港有合法的身份，享受医保等社会福利待遇