停薪留职的五险一金由用人单位与劳动者共同负责。其中的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金要由单位与劳动者按照规定共同缴纳；而生育保险和工伤保险则由单位自行去缴纳，职工个人不缴纳。
一般情况下，事业单位停薪留职期间的五险一金支付由员工个人负责，也就是说，员工需要自己缴纳社保、公积金等各项社会保险。在停薪留职期间，单位不会为员工缴纳五险一金。如果员工因特殊原因不能参加社保和公积金，可以与单位协商，但需注意相关风险和责任。
停薪留职算工龄。停薪留职是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份,而由用人单位与该职工依法签订的,约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同,协议有效期一般不超过二年。