二者的主要区别如下：

第一、 柏木和桧木的科属种类不一样：其中柏木是柏科柏属植物；而桧木则是柏科扁柏属或侧柏属植物。

第二、 柏木和桧木的产地不一样：其中柏木分布于中国长江流域及以南地区，垂直分布主要在海拔300-1000米之间；而桧木仅见于北美、日本及中国台湾阿里山区。

第三、 柏木和桧木的外观不一样：其中柏木高可达35米，胸径2米；树皮淡褐灰色，小枝细长下垂，绿色，较老的小枝圆柱形，暗褐紫色，雄球花椭圆形或卵圆形，球果圆球形，种子宽倒卵状菱形或近圆形，熟时淡褐色，有光泽；桧木分成两种，其中红桧高57米，胸径6.5米；有叶小枝扁平 ，鳞形叶二型，交互对生，雌雄同株，球花单生侧枝顶端；球果当年成熟，椭圆形，种鳞楯形，顶面具少数沟纹，中央稍凹，有尖头；种子扁，倒卵圆形，两侧有窄翅。