猪圈消毒液最好在猪圈清洁后、猪群在外放牧、新批入猪圈前喷洒，以达到最好的消毒效果。
在猪圈清洁后喷洒可以清除残留的污垢和病原微生物，新批入猪圈前喷洒可以消灭病原菌，预防疾病的发生，而在猪群在外放牧期间喷洒可以避免病原菌的再次入侵。需要注意的是，在喷洒前要将猪圈内的物品进行清理整理，确保消毒液能够充分接触到猪舍内的每个角落。同时也需要注意选用正确的消毒剂，按照说明书规定的剂量进行使用。
猪圈消毒液应在猪圈内清理完毕后，再进行喷洒。一般最好在猪圈清洁后的第二天使用，因为这时候猪圈内的杂质已经清理干净，消毒液可以更好地渗透和发挥作用。
此外，在喷洒消毒液前要将猪圈内的水和饲料等清除干净，确保喷洒的消毒液不被稀释或污染。
有专门的清理粪便工具。
因为猪圈中会有大量的猪粪，如果不及时清理，会对猪只的生长环境造成很大的影响。
在现代养猪场中，一般会采用机械化的清理方法，例如清粪机、铲运车等专门的清理粪便工具，可以有效地提高清理效率，也能减少工人的劳动强度。
此外，还有一些深度清理设备如高压水枪和离心式粪池等可以更加彻底地清洁猪圈，这些工具的使用可以减少猪只疾病的发生率，促进猪只的健康成长。