1、适当加深水位，水体相对稳定，鱼不容易发生应激问题。增强鱼体体质，提高抗病力，自然就减少被水霉病感染的可能。
2、调水改底，如果池塘方便的话，可以去掉一些底泥，使用生石灰、漂白粉等，减少一下水环境中的病原密度。
3、提高盐度，在冬季低温来临之前，适当提高水体盐度，也是有效的方法。
4、避免鱼体损伤，在拉网，运输等操作过程中，小心操作，及时使用福碘进行消毒。
5、预防寄生虫，在低温期来临之前做好驱杀寄生虫的准备工作，不建议使用化学杀虫剂，因为常见的杀虫剂刺激性比较强，很容易对鱼产生刺激，继而引发水霉病等多种疾病。建议提前拌喂百草驱蟲净，做好寄生虫的提前防控。
6、提升鱼体体质，拌料内服保肝护胆的产品百草益甘旦，改善肝脏微循环，促进胆汁分泌和排泄，提高机体代谢功能，促进肝脏合成蛋白质及糖元生成，增强肝脏解毒排毒功能。
一、注意避光
绿藻的生长离不开充足的光照，如果鱼缸是放在向阳的地方，植物就会快速生长，导致布满整个鱼缸。因此平时可以把鱼缸放到远离窗户的地方，减少它受到直射光的可能，这样就能限制绿藻的生长速度。
二、药物除藻
除了限制绿藻的生长外，还要定期进行清理，生效最快的方法就是药物除藻，也就是各种除藻剂。需要注意的是，除藻剂中的一些成分对鱼儿的健康不利，所以用的时候一定要控制好用量，或者稀释后再倒入鱼缸中。
三、养鱼除藻
药物除藻有一定的风险，因此也可以选择生物除藻的方式，也就是养一些可以吃绿藻的鱼类或水生动物，比如螺、清道夫以及琵琶鼠等，需要注意的是，混养鱼类有一定的风险，一定要确保它们的体形相近，以免出现大鱼吞食小鱼的情况。
四、人工除藻
当然，也可以选择人工的方式进行除藻，只不过稍微麻烦一点，可以用小铲子将绿藻铲掉，大鱼缸的话最好用磁铁铲。另外，良好的过滤系统以及频繁的换水，也可以减少绿藻的数量，对于控制它的生长很有帮助。