根据提供的信息，如果驾驶员在最近连续三个记分周期内没有被记满12分，即使有一次记9分的情况，也不妨碍其申请校车驾驶员资格。但是，为了避免影响报考，最好是及时缴纳记分罚款。此外，申请校车驾驶员资格还需要满足其他条件，如具有相应准驾车型驾驶证、三年以上驾驶经历、年龄在25周岁以上且不超过60周岁、无致人死亡或重伤的交通事故责任记录、无酒后或醉酒驾驶机动车记录、最近一年内无驾驶客运车辆超员、超速等严重交通违法行为记录等1。

因此，如果驾驶员没有驾驶客运车辆超员、超速等严重交通违法行为记录，并且其他条件都满足，那么即使有超员记9分的情况，也可以申请校车驾驶员资格。但为了确保不影响申请，建议及时处理记分