从上午五点四十左右开始到下午二十三点左右结束。地铁三号线从秣周东路到南京南站，贯穿南京市南北，乘客比较多，运营时间比较长。
正月十三至正月十五，17:30—21:00，地铁一号线三山街站、三号线夫子庙站临时关闭，地铁跳站运行；18:30—21:00地铁三号线常府街站、武定门站临时关闭，地铁跳站运行。
北段站点：方家营、南京西站、静海寺、下关、盐仓桥、福建路、虹桥青春广场、云南路、上海路。原计划2023年建设年限，调整到2024年。